Leta 2016 sta strokovnjaka Livio Jakomin in Igor Zajec predstavila svojo različico poteka HC pod Baredi, ki ima v javnosti največ podpore. Na skici modro – obstoječi potek HC Koper–Dragonja, rdeče – alternativni potek HC Koper–Dragonja, zeleno – HC Izola–Jagodje–Lucija).

Mestna občina Koper se je, tako kot tudi občini Izola in Piran, zavzela za različico trase pod Baredi, saj ta vključuje že zgrajeni predor Markovec. Kot so utemeljili na občini, prebivalci oziroma lokalne skupnosti nasprotujejo predlaganemu predlogu DPN Koper Dragonja in se zavzemajo za alternativno traso pod Baredi. Ministrstvo pa je do predloga kritično, saj je "z vidika predora Markovec alternativni potek HC Izola–Baredi kritičen, ker se v predoru združita oba glavna prometna tokova (proti Dragonji in proti Sečovljam)." Med drugim so na ministrstvu v odgovor napisali, da je bilo poleg tega ugotovljeno, da se HC Koper–Dragonja lahko gradi fazno, pri čemer bi prva faza (obvoznica Šalara) takoj razbremenila prebivalce Kopra in bi jo bilo zato smiselno zgraditi najprej.

Na ministrstvu pravijo, da predor Markovec različice Baredi "ne bi prenesel".

So pa na ministrstvu upoštevali predlog koprske občine za nadkritje dela hitre ceste mimo Šalare, le delno pa željo občine po ukinitvi oskrbne postaje Šalara in avtocestne baze v Šalari. Ta v načrtu ostaja, medtem ko bo za oskrbo skrbel objekt pri Bandelu. Da je v načrtu predvidenih preveč bencinskih servisov, so zapisali tudi v Izoli in Piranu, zato je ministrstvo pristalo na enega, in sicer tega pri Bandelu.

MOK je predlagala tudi predor Šmarje in s tem ohranitev obstoječe podobe prostora in rabo tal med Paderno in Staro Šalaro, a na ministrstvu pravijo, da to ni mogoče, saj je v predlaganem predoru predviden vzdolžni nagib 3 odstotkov, kar presega največji dovoljeni nagib 1,5 odstotkov.

Vrsto let je na mizi vprašanje, kako urediti promet skozi Slovensko Istro proti Hrvaški.

Občina Izola je med svojimi pripombami opozorila na to, da načrt grobo in obširno posega v kmetijska zemljišča in rodovitno kmetijsko zemljo, ki jo je v dolinah premalo. "Taki posegi v kmetijska zemljišča so nesprejemljivi," menijo v Izoli, kjer so opozorili tudi na nesorazmerno veliko število rušitev. "Potek trase HC se zaradi predpisanih elementov, ki jih je treba upoštevati ob načrtovanju, žal ne uspe v celoti izogniti kmetijskim zemljiščem, ki se v pretežni meri nahajajo v dolinskem svetu. Kljub vsemu stroka ugotavlja, da je poseg ob doslednem upoštevanju omilitvenih ukrepov v še sprejemljivih okvirjih," pa jim odgovarjajo na ministrstvu. Dodali so še, da je za rušitev na celotni trasi predvidenih 33 stanovanjskih stavb, tri poslovne stavbe ter 201 enostavni ali nezahtevni objekt. 

Da bi se zagotovila nadaljnja prevoznost lokalnih in krajevnih cest, so v občini Piran predlagali nov cestni priključek pri Padni, kar so na ministrstvu upoštevali. V Piranu so predlagali še spremembo priključka Dragonja in odmik od stavb v naselju Dragonja, a ministrstvo njihovih predlogov ni upoštevalo.

Tudi po mnenju občanov istrskih občin in različnih civilnih iniciativ bi bila boljša trasa pod Baredi, sprašujejo se tudi, ali Slovenska Istra zmore dve hitri cesti (upoštevajoč tudi tisto Jagodje–Lucija) na tako kratki zračni razdalji.

Na ministrstvu so za odgovore na pripombe javnosti potrebovali šest let, kaj sledi? "V nadaljevanju postopka priprave Državnega prostorskega načrta bo investitor (DARS d. d.), na podlagi sprejetih stališč, zagotovil izdelavo dopolnjenih strokovnih podlag in predloga DPN. Ker so na podlagi sprejetih stališč predvidene spremembe rešitev načrtovanih prostorskih ureditev, posledično pa tudi območja DPN, bo predlog DPN ponovno javno objavljen. K predlogu DPN bodo nato pridobljena mnenja nosilcev urejanja prostora, rešitve pa po potrebi še dodatno usklajene z njimi. Usklajen predlog DPN bo posredovan v obravnavo in sprejem na Vlado RS," o postopku razlagajo na ministrstvu.